2000
Koniec tisícročia sa okrem dopravnej mizérie niesol aj vo veľkých zmenách v tarife a systéme označovania liniek.
1. januára 2000 sa zaviedla nová prestupná tarifa s časovými cestovnými lístkami s platnosťou 10, 30 a 60 minút. Základný lístok bol 30-minútový a stál 12 Sk.
10. januára 2000 sa dokončilo prečíslovanie autobusových liniek. Linka 23 bola prečíslovaná na 82, 26 na 30, 28 na 88, 30 na 70, 32 na 53, 40 na 180, 44 na 32, 47 na 81, 48 na 51, 59 na 28, 62 na 33, 67 na 84, 68 na 58, 102 na 37, 103 na 76, 110 na 63, 113 na 85, 115 na 71, 117 na 59, 118 na 96, 120 na 186, 123 na 193 a 127 na 181. Linky 24, 25, 35, 36, 41, 46, 60 a 65 boli nahradené linkami 35, 38, 52, 54, 56, 61, 65 a 67. V tento deň začali premávať prvé midibusy SOR B 9.5 na linkách 49 a 51.
Od 18. marca do 7. júla sa rekonštruovala sa Čachtická ulica, kvôli ktorej bola dočasne zrušená linka 185. Z dočasného zrušenia sa napokon vykľulo zrušenie trvalé. Rekonštrukcie pokračovali od 12. augusta do 19. novembra opravou električkovej trate na Radlinského ulici. 6. septembra mal na Záhradníckej ulici ťažkú nehodu trolejbus č. 6617. Po zachytení kanálového poklopu sa stal neovládateľný a neopraviteľne sa mu poškodila karoséria zadného článku. Následne bol trolejbus opravebý vo výrobnom závode Škoda Ostrov, kde dostal nový zadný článok.. V dňoch 14. októbra až 24. novembra bola preložená električková trať pri tuneli, ktorá pôvodne viedla nad hrobkou židovského rabína Chatama Sófera.
2001
1. januára 2001 zdraželi cestovné lístky. Najviac sa to dotklo 10-minútových lístkov, ktoré boli najpoužívanejšie, a tak sa stali základnými s cenou 10 Sk. 1. februára 2001 sa Bratislavská integrovaná doprava, ktorá vznikla rok predtým, rozšírila o spoje SAD Bratislava na úseku AS Mlynské nivy - Záhorská Bystrica. V rámci BID bolo možné za príplatok ku električenke používať nielen uvedené autobusy, ale aj osobné a zrýchlené vlaky na území Bratislavy. Napriek tomu bola BID použiteľná pre veľmi málo cestujúcich a ako celok bola takmer úplne zbytočná, pretože sa podobala skôr na demoverziu napríklad Pražskej integrovanej dopravy.
V januári 2001 boli dodané dva nízkopodlažné autobusy Ikarus 412, ktoré boli v marci nasadené na linku 82, čím sa stali prvými nízkopodlažnými autobusmi určenými pre verejnú prepravu v Bratislave. 24. januára po skrate v kĺbe zhorel priamo vo vozovni Hroboňova trolejbus #6616. V apríli, júli a novembri sa preložilo trolejové vedenie na Gagarinovej ulici v súvislosti s výstavbou diaľnice D61.
V marci prišla zmodernizovaná električka T3AS, ktorá však vďaka prototypovým komponentom nebola uvedená do prevádzky s cestujúcimi ešte ani o rok a pol neskôr. 20. apríla 2001 sa začala prevádzka štyroch nových trolejbusov Škoda 15 Tr 13/6M #6627 - 6630, ktoré boli vybavené akustickým hlásením zastávok.
V lete 2001 prebehla rekonštrukcia električkovej trate v úseku Karlova Ves - Dolné Krčace, a to počas prevádzky vždy na jednej koľaji. Rekonštrukcia a následná údržba však boli vykonávané nekvalitne, preto do roku 2012 došlo k zníženiu maximálnej povolenej rýchlosti električiek v oblúku na tomto úseku z 50 km/h na 30 km/h.
V auguste až októbri prebiehala rekonštrukcia Prístavného mosta s ňou spojený dopravný kolaps, ktorý si odniesli linky premávajúce do Petržalky. 3. septembra 2001 sa začala trojročná rekonštrukcia Mudroňovej ulice. Počas nej bola trolejbusová linka 207 skrátená po Šulekovu ulicu a linka 203 po Hodžovo námestie. Náhradnú dopravu zabezpečovala autobusová linka X7 v úseku Kollárovo námestie - Jančova a trolejbusová linka X17 z Jančovej na Valašskú. V zimnom období sa linky vrátili na pôvodné trasy.
V auguste sa v Bratislave testoval poľský nízkopodlažný autobus Solaris Urbino 15. Rok 2001 sa niesol aj v znamení príliš častých výluk električkovej dopravy v tuneli kvôli rôznym poruchám. Dôvodom najdlhších výluk bolo padajúce vysokonapäťové vedenie z úchytov. Začalo sa s prerábaním trolejbusových výhybiek na rýchloprejazdné výhybky, ktoré však boli častokrát nainštalované tak, že boli horšie, ako tie predtým. V máji bola dokončená modernizácia prvého autobusu Karosa B 732 na plynový pohon. Na jej základe bolo rozhodnuté o modernizácii ďalších sólo a kĺbových autobusov Karosa. 3. septembra 2001 boli zrušené linky 98, 181, 186 a 193. Linky 98 a 186 boli od toho dňa nahradené novou linkou 68. Od 15. novembra 2001 bolo zvýšené cestovné. Základným lístkom sa stal 10-minútový s cenou 12 Sk.
Koncom roka sa od Dopravného podniku Bratislava odčlenila spoločnosť Zájazdy Bratislava, s.r.o., do ktorej boli presunuté zájazdové autobusy, z ktorých niektoré boli práve zrekonštruované. Spoločnosť Zájazdy Bratislava začala vykonávať dopravu do shopping parkov Aupark, Danubia a neskôr aj Avion. Koncom roka zabezpečoval dopravu do Auparku aj DPB linkou 99 zo Šafárikovho námestia.
2002
Na začiatku roku 2002 sa plynové Karosy B 732 prečíslovali do radu 3600. Do Bratislavy dorazila modernizovaná električka T3 Mod, ktorá sa však podobne ako typ T3AS nemohla zaradiť rovno do premávky, pretože bolo potrebné získať povolenie Drážneho úradu. 22. februára sa pod Novým mostom objavila digitálna informačná tabuľa BUSE, na ktorej boli zobrazené odchody jednotlivých liniek. Panel zapožičala firma BUSE pôvodne na 1 rok. Na konci marca sa kvôli povodni museli presmerovať linky 29 a 502 z nového obratiska Hrad Devín na pôvodnú konečnú. 28. marca bol po havárii rakúskeho remorkéra nečakane uzavretý Starý most, pričom linky boli operatívne presmerované cez Nový most. Doprava na moste sa obnovila 8. apríla.
1. apríla sa uskutočnilo plánované pôvodne veľké riedenie zastávok. Zo stovky zbytočných zastávok sa však napokon zrušili dve. Do už beztak biednej MHD zasiahol nový Zákonník práce, kvôli ktorému sa muselo pristúpiť k úpravám v cestovných poriadkoch. Od 15. apríla do 7. júna sa rekonštruovala električková trať na Rázusovom nábreží. Od 6. mája bola 2 mesiace vylúčená autobusová doprava na moste do Vajnor z dôvodu výstavby mimoúrovňovej križovatky. Linky 53, 56, 65 a 514 premávali cez železničné priecestie na ulici Pri mlyne. 19. apríla bola zavedená možnosť platiť za električenky aj kreditnými a debitnými kartami. 25. apríla bola zriadená kyvadlová doprava do Avion shopping parku z Trnavského mýta firmou Zájazdy Bratislava. Linka sa od 1. júla predĺžila až na Račianske mýto.
Po víťazstve slovenských hokejistov na Majstrovstvách sveta v ľadovom hokeji fanúšikovia v noci z 11. na 12. mája poškodili 45 vozidiel, pričom spôsobili škodu približne 600 000 Sk. 15. mája sa v uliciach mesta testoval francúzsky nízkopodlažný autobus Renault Agora GNV. 17. mája si vo vozovni Krasňany mohla široká verejnosť prezrieť jednotlivé generácie vozidiel v rámci osláv 75. výročia autobusov. 6. júna 2002 sa zrazil Ikarus 435 #2812 s vlakom na železničnom priecestí na Ivanskej ceste. Pri nehode sa našťastie iba ľahko zranil vodič. Od 22. júna do 22. augusta sa rekonštruovala električková trať na Vajnorskej ulici, pričom celú výpravu električiek zabezpečovala vozovňa Krasňany, iba na trati zo ŽST Nové Mesto na Zlaté piesky premávali električky z Jurajovho dvora na linke X2. Cez letné prázdniny premávala medzi Čunovom a Danubianou linka 199. 13. – 18. augusta zasiahla veľká voda Devín a Devínsku Novú Ves, čo si vyžiadalo presmerovanie, resp. skrátenie autobusových liniek. 22. augusta 2002 sa zrušili bezplatné linky do Auparku. 8. decembra sa zriadila posilová študentská linka 131 z Hlavnej stanice k internátom v Mlynskej doline. 19. novembra sa do Bratislavy z TM Brno vrátili historické električky vlastnej stavby #18 a #31, aby sa podrobili rekonštrukcii v dielňach DPB. Koncom roka sa začalo zavádzať v midibusoch SOR akustické hlásenie zastávok.
2003
17. januára 2003 bola dočasne zrušená zastávka Karlova Ves z dôvodu havarijného stavu schodiska, linky 4 a 9 mali konečnú na zastávke Borská. 20. februára sa odohrala zatial najvážnejšia nehoda električiek typu T6A5, pri ktorej súprava #7927+7928 sama opustila bez vodiča obratisko v Dúbravke a po vykoľajení a skrížení narazila do prístrešku na zastávke OD Saratov. Od 15. marca do 17. apríla bola zrekonštruovaná električková trať na Štúrovej ulici. Pri rekonštrukcii sa odstránila nepoužívaná druhá koľaj na Štúrovej. V marci sa zbúrala historická budova prvej bratislavskej elektrárne a meniarne na Pribinovej ulici, ktorá slúžila v rokoch 1895 - 1982. 7. apríla sa presmerovala linka 92 k novej hlavnej vrátnici Volkswagenu. Od 14. apríla bola na lesnej linke 43 zavedená doprava plynofikovaným autobusom. Z dôvodu výstavby vjazdu do podzemných garáží a rekonštrukcie električkovej trate bola od 28. júna do 12. decembra vylúčená električková doprava na Mostovej a Jesenského ulici. Od 28. júna sa tiež zaviedol nový systém výpravy električiek, keď na linkách 1, 2, 4, 5, 6, 9, 11 a 12 premávali súpravy električiek a na linkách 3, 8 a 14 kĺbové električky, súčasne sa zmenili grafikony jednotlivých liniek a v pracovných dňoch sa zaviedol jednotný 12-minútový interval. 5. júla sa zaviedlo prepravovanie cestujúcich končiacimi spojmi linky 201 k Amfiteátru. Od 9. do 28. augusta sa odstraňoval havarijný stav električkovej trate v Karlovej Vsi a Dúbravke za úplnej výluky električiek. V auguste sa opravilo trolejbusové trakčné vedenie vo vozovni Trnávka. Po dvojročnej rekonštrukcii Mudroňovej ulice sa od 2. septembra obnovila premávka trolejbusov 203, 207 a 516 po pôvodných trasách.
1. februára sa do premávky zaradili 4 trolejbusy Škoda 15 TrM #6635 - 6638. V marci vyšla z ústredných dielní replika historického vlečného vozňa SGP. Po 1,5 roku od modernizácie sa podarilo v máji 2003 sprevádzkovať modernizovanú električku T3 Mod #7304. V dňoch 13. a 14. októbra sa v Horskom parku a v Mierovej kolónii prezentovali autobusy kategórie mini. 14. novembra 2003 bol dodaný jediný nízkopodlažný trolejbus typu Škoda 21 Tr AC, do premávky sa zaradil v marci 2004.
2004
2. februára 2004 sa zrušila zachádzka linky 49 na Ďumbiersku z dôvodu zrušenia nemocnice Krásna hôrka. Počas rekonštrukcie Kremeľskej ulice v Devíne od marca do decembra premávali linky 29 a 502 cez Slovanské nábrežie a linka 28 bola skrátená po zastávku Devín. 1. apríla bola linka 20 z Dúbravky predĺžená k Tescu Lamač a linka 22 ku Vojenskej nemocnici. 1. mája zdraželi cestovné lístky, okrem 10-minútového. 30-minútový zdražel na 18 Sk, hodinový na 22 Sk. Od 3. do 18. mája sa dokončila rekonštrukcia električkovej trate na Štúrovej ulici a od 2. do 27. júna bola dokončená rekonštrukcia trate na Jesenského ulici.
Od 28. júna do 20. augusta prebehla rekonštrukcia električkovej trate v úseku Dolné Krčace – Harmincova, pričom sa použil otvorený koľajový zvršok. Zároveň bola vylúčená premávka električiek na Obchodnej kvôli oprave kanalizácie, ktorá trvala do 1. septembra. Od 21. augusta do 20. decembra sa rekonštruovala Mierová ulica a linky 208 a 510 premávali po Gagarinovej ulici. Od 2. septembra sa skrátila autobusová linka 63 z Lamača len po Bojnickú a zrušila sa premávka k Tescu Zlaté piesky. Od 4. októbra predĺžili linku 22 k NOÚ. 18. októbra bola zavedená električková linka 17 od ŽST Vinohrady do Karlovej Vsi premávajúca v rannej špičke, linka 7 začala premávať len popoludní. 12. decembra sa zaviedla študentská linka 141 z Hlavnej stanice do Horského parku. 20. decembra sa zmenili konečné zastávky liniek 26 a 27 v Dúbravke a linka 28 bola predĺžená v Devínskej na konečnú Opletalova.Do premávky sa 24. marca zaradil prvý modernizovaný električkový vozeň T3P #7715. Po trojročných problémoch so sprevádzkovaním modernizovanej električky T3AS #7303 sa od 27. septembra konečne zaradila do premávky.
2005
21. februára 2005 začali trolejbusy liniek 201 a 202 prepravovať cestujúcich počas výjazdov a dojazdov z/do vozovne Hroboňova. Summit prezidentov Busha a Putina v Bratislave spôsobil v dňoch 22. - 25. februára značných chaos v prevádzke MHD. Od 15. marca do 18. júla z dôvodu rekonštrukcie Mierovej ulice premávali linky 208 a 510 po Gagarinovej ulici.8. apríla 2005 boli zavedené mimoriadne spoje na priamy prenos pohrebu pápeža, ktorý sa uskutočnil v Petržalke pri kostole Sv. rodiny. V termíne 9. apríla až 3. júna prebiehala v dvoch etapách rekonštrukcia električkovej trate na Radlinského ulici v úseku Kollárovo námestie – Floriánske námestie. Od 6. mája do 31. júla premávala v piatky a voľné dni bezplatná skúšobná nočná autobusová linka zo Zlatých pieskov do Ivanky pri Dunaji.Od 4. júna do 26. augusta prebiehalo rozšírenie vozovky medzi tunelom a Novým mostom. Autobusové linky v smere z mesta premávali po Žižkovej ulici.Z dôvodu rekonštrukcie Cesty mládeže bola v prvej polovici roka obmedzená premávka linky 43 a od 27. júna do 4. októbra bola úplne zrušená, pričom bola zavedená náhradná linka X43 z Koliby cez Kamzík do Lesoparku premávajúca po lesnej ceste. Počas letných prázdnin bola vylúčená premávka trolejbusov na Kolibu kvôli rekonštrukcii kanalizácie na Žilinskej ulici. Linka 203 premávala na Autobusovú stanicu a na Kolibu jazdila autobusová linka X13 zo Šancovej.
5. september 2005 znamenal takmer kompletnú reorganizáciu autobusových liniek v Petržalke v súvislosti s otvorením mosta Apollo a pripravovanou výstavbou nosného systému. Nové autobusové linky sa rozdelili na nosné a doplnkové. Uvedené zmeny súčasne znamenali koniec liniek 71, 76, 80, 81, 82, 85, 86, 89, 90, 97, 198. V novom systéme sa zo zrušených liniek použilo len číslo 80. V septembri si Bratislava pripomenula 110. výročie MHD.Od 26. septembra do 4. decembra prebiehala prvá etapa rekonštrukcie Obchodnej ulice. Linka 1 bola presmerovaná na ŽST Nové Mesto, linka 6 bola zrušená a na Hlavnú stanicu bola z centra zavedená náhradná linka 13. V Karlovej Vsi prebehol "downgrade" reťazovkového trolejového vedenia na klasické vedenie zavesené na výložníkoch. Zakúpenie dvoch minibusov Mercedes-Benz Sprinter 416 CDI umožnilo 12. decembra 2005 spustiť premávku linky 42 (Valašská – Kalvária) a linky 44 (NOÚ – Na Revíne) v úzkych uličkách Kalvárie a Kramárov. Linka 42 bola pre nezáujem cestujúcich od 1.7.2006 zrušená.
2006
9. januára 2006 vznikla nová linka 23 z Lamača do Devínskej Novej Vsi zlúčením liniek 27 a 35. Linka 28 bola predĺžená pod Nový most, čím Devínska Nová Ves získala ďalšie priame spojenie s mestom. Od 15. februára začala spoločnosť CityLink prevádzkovať na niekoľkých trasách minibusy, známe z východných krajín pod názvom „maršrutky“, ako konkurenciu k linkám MHD. Tento spôsob sa v Bratislave neujal a už 7. apríla bola ich prevádzka zastavená. Zavedenie trolejbusovej linky 211 od 19. februára umožnilo počas víkendov zrušiť autobusovú linku 49 od Vojenskej nemocnice na Kramáre. Rovnakým dňom začala rozsiahla prestavba ulíc Košická a Miletičova s presmerovaním MHD a zavedením náhradnej linky X50 z Autobusovej stanice do Ružovej doliny. Od 4. marca pokračovala rekonštrukcia električkovej trate na Obchodnej ulici a zároveň začala rekonštrukcia trate na Kapucínskej ulici.
V apríli začali práce na výstavbe trolejbusovej trate na sídlisku Dlhé diely v Karlovej Vsi. Od 18. mája bolo pre autobusy uzavreté obratisko Kúpalisko Matador a autobusy sa otáčali v provizórnych podmienkach. Tretí rok po sebe bola pre rekonštrukciu uzavretá Mierová ulica a linky 208 a 510 premávali od 29.5. do 22.10. po Gagarinovej ulici. Na Trnávke prebiehala počas roka rekonštrukcia kanalizácie a vodovodu, a tak trolejbusy liniek 204 a 205 premávali po Hanácku, resp. do Vozovne Trnávka. 3. júna sa zaviedla sa prvá sezónna cyklobusová linka 128 od Starého mosta do Devínskej Novej Vsi, pre ktorú boli zakúpené dva prívesy na prepravu bicyklov.1. júla bola obnovená premávka električiek po zrekonštruovanej trati na Kapucínskej ulici a súčasne sa začala rekonštruovať trať v Dúbravke v úseku Harmincova – Hanulova, kde sa v dĺžke 520 m do 13. augusta vybudoval otvorený koľajový zvršok. 3. júla 2006 odčlenením z linky 51 vznikla minibusová linka 151 z Lopeníckej k OD Slimák. Zároveň začala druhá etapa rozsiahlej prestavby ulíc Košická a Miletičova s výlukou MHD, ktorá skončila 18. septembra, ale rekonštrukcia ulíc pokračovala ďalej. 7. augusta sa obnovila električková doprava po zrekonštruovanej Obchodnej ulici a na Floriánskom námestí sa v auguste vymenili výhybky a opravila sa trať na Americkom námestí. Od 3. septembra sa definitívne zrušila električková linka 6, ktorú nahradila linka 1 trvalo presmerovaná na ŽST Nové Mesto. Z náhradnej linky 13 medzi centrom mesta a Hlavnou stanicou sa stala linka trvalá a linka 4 začala v smere na Zlaté piesky premávať cez Šafárikovo námestie.
4. septembra bola sprevádzkovaná trolejbusová trať na Dlhých dieloch a linka 33 sa zmenila na trolejbusovú a zrušila sa premávka cez zastávky Baníkova a Segnerova. Vybrané spoje v rannej špičke premávali jednosmerne až pod Nový most ako linka 133. V spodnej časti trate sa trolejbusy museli otáčať na pomocný naftový pohon, nakoľko obratisko Riviéra nebolo zatrolejované.Od konca augusta do konca októbra bolo kvôli rekonštrukcii uzavreté železničné priecestie Pri Šajbách, čím sa prerušilo priame prepojenie Východného a Rače. Ako kompenzácia bola od 8. septembra bola zavedená vlaková linka 155 medzi železničnými stanicami Východ a Predmestie s tarifou MHD. Od 23. októbra sa rozšírilo prepravovanie cestujúcich na dojazdoch a výjazdoch na takmer všetky trolejbusové linky. Od 2. novembra pokračovala premávka vlakovej linky 155 z dôvodu záujmu cestujúcich, ale už len počas špičiek.
Začiatkom roka 2006 boli dodané dva repasované vozne T6A5, ktoré výrobca pôvodne používal ako testovacie. Ako náhrada za dožívajúce Ikarusy 280 bolo v roku 2006 zakúpených 22 15-metrových poľských autobusov Solaris Urbino 15 s plynovým pohonom. V roku 2006 sa ukončila prestavba autobusov Karosa B 732 na CNG pohon. Celkovo sa od roku 2001 zrekonštruovalo 64 týchto autobusov. Pre novú trolejbusovú trať na Dlhé diely bolo dodaných 6 kĺbových trolejbusov Škoda 25 Tr s karosériou Irisbus Citelis a pomocným diesel-elektrickým pohonom. V júli až októbri sa v Bratislave homologizoval trolejbus Škoda 24 Tr Irisbus pre mesto Prešov. Koncom roka sa v Bratislave testovala nízkopodlažná kĺbová električka Škoda 06 T pre sardínske mesto Cagliari a na niektorých miestach bolo pre ňu potrebné upraviť poškodenú trať.
2007
Od 10. januára 2007 sa obnovila premávka vlakovej linky 155 medzi stanicami Východ a Predmestie, ktorá bola pozastavená 2. januára. Už v apríli sa však prevádzka vlakov definitívne skončila vzhľadom na nevýhodnosť podmienok, za akých bola linka prevádzkovaná. Od konca marca 2007 bola sprevádzkovaná nová vozovňa autobusov v Petržalke na Lúkach VIII (oficálne otvorená bola až 24. mája), kam sa presťahovali autobusy z provizórnej vozovne na Kočánkovej ulici. Bratislavská integrovaná doprava v apríli predstavila svoju koncepciu, ale na dlhý čas to bola opäť jediná jej aktivita a stanovené termíny jej spustenia neboli dodržané.Od 14. mája do 17. júna prebehla rekonštrukcia električkovej trate na Vazovovej ulici. Namiesto linky 2 bola zavedená bola električková linka 10 zo Zlatých pieskov k tunelu. Vysoké teploty v priebehu júla poškodili električkové trate na viacerých miestach, dopravný podnik musel koľaje chladiť polievaním. Od 9. júla do 10. augusta sa zrekonštruoval krátky úsek električkovej trate medzi Gaštanovým hájikom a Vozovňou Krasňany, pričom sa použil otvorený koľakový zvršok. Náhradnú dopravu medzi Vozovňou a Mladou gardou zabezpečila firma Zájazdy Bratislava linkou X11. V auguste a septembri sa zrekonštruovala križovatka Patrónka, čo si vyžiadalo presmerovania liniek MHD.Nedostatok vozidiel a vodičov spôsobil od júla redukcie na linkách 20, 22, 23, 41, 66, 203, 206, 207, 209 a 211. Od 3. septembra sa pokusne predĺžili večerné spoje linky 28 k Novej budove SND. V septembri sa po prvý raz od roku 1995 cestovalo v MHD opäť zadarmo. Stalo sa tak v sobotu 22. septembra počas Dňa bez áut v rámci Európskeho týždňa mobility.
Po nástupe nového vedenia dopravného podniku začal zmeny v linkovom vedení ovplyvňovať politický tlak. Presmerovaná bola linka 51 okolo nákupného centra Polus, 19. novembra bola zriadená linka 180 z Holíčskej k petržalskému cintorínu, od 17. decembra bola linka 84 v Ovsišti presmerovaná na novú trasu a ako náhrada bola zavedená študentská linka 184 od Ekonomickej univerzity do Horského parku. Súčasne bola linka 83 predĺžená z Námestia hraničiarov na zrekonštruované obratisko Technopol a linka 41 bola predĺžená zo Šafranovej na Búdkovú ulicu.
26. mája 2007 zasiahol rozsiahly požiar motorovú časť autobusu Solaris Urbino 15 CNG #1216. Po tejto udalosti boli na 3 mesiace z premávky stiahnuté všetky autobusy tohto typu. Požiare autobusov rôznych typov pokračovali aj v ďalšom období a to napriek inštalácii samohasiacich zariadení do motorov. Trend nahrádzania štandardných autobusov midibusmi pokračoval aj v roku 2007, kedy bolo jednorazovo zakúpených 18 kusov „low-entry“ midibusov SOR BN 9.5 namiesto plánovaných ďalších trolejbusov pre Dlhé diely. Kritickú situáciu s nedostatkom trolejbusov na Dlhých dieloch tak zachraňovali staré Karosy a Ikarusy.
K 1. júlu došlo k reforme nočnej dopravy. Zachovaný bol koncept liniek vedených z Hlavnej stanice a trolejbusových liniek prechádzajúcich cez Hodžovo nám., zvýšil sa však počet spojov za noc z 3 na 5 a v prípade väčšiny liniek v smere z centra na 6 spojov za noc. Zmenilo sa tiež trasovanie liniek, ktoré viac rešpektovalo trasy základných denných liniek a spojenie s centrom mesta. Linky sa po novom začali označovať písmenom N a číslom základnej dennej linky obsluhujúcej územie obsluhované aj nočnou linkou. Celkovo 20 liniek bolo označených od N21 po N99 a nahradili dovtedajšie linky 501 - 518. Pri trolejbusoch sa použili uvažované čísla liniek z oblastného označovania, tzn. N44, N47 a N72, po prvý raz začala jazdiť nočná linka na Dolné hony. Novinkou boli tiež nadväzné nočné linky N56 a N91, ktoré nadväzovali na linky N53/N55 a N93 na zastávkach Zlaté piesky/Hečkova a Jasovská. Na krátku dobu bola vo vybraných nočných linkách od júla 2007 zavedená bezpečnostná služba. Súčasne so zavedením nočnej dopravy bola zmenená služobná doprava pre zamestnancov DPB: linky 401 - 406 a 408 zanikli a nahradili ich bežné linky nočnej dopravy, vybrané výjazdové spoje nočných liniek a špeciálne služobné linky SL1, SL2, SL3 a SL6. Číselné označenia v radoch 400 a 500 sa prenechali pre linky Bratislavskej integrovanej dopravy.
Od 5. novembra sa nočná linka N95 presmerovala cez Námestie SNP, čím sa po 12. rokoch obnovila obsluha centra mesta nočnou linkou. Od 1. novembra došlo k výraznému zdraženiu nočnej dopravy, pri jednorazových lístkoch šlo o navýšenie z 22 Sk na 44 Sk, pri električenkách si musel po novom označiť aj cestovný lístok v hodnote 22 Sk, pričom dovtedy mal nočnú dopravu v cene električenky.
2008
Dopravný podnik zaviedol od 1. februára 2008 nové firemné logo, ktoré vzišlo zo súťaže vyhlásenej koncom roka 2007 a výber ktorého sprevádzala značná kritika. Od 31. marca bola zavedená prvá regionálna linka 630 zo Zlatých pieskov do Chorvátskeho Grobu a zrušili sa zachádzky linky 53 do Grobu. 24. mája 2008 vznikla prvá linka za hranice Slovenska do rakúskeho Wolfsthalu - linka 901 a od 21. marca 2009 bola predĺžená až do Hainburgu.
Od 2. septembra bola zavedená nová posilová linka 178 Dolné hony, Čiližská – Ružinov, Astronomická premávajúca počas rannej špičky. Od 17. novembra sa zaviedol predaj cestovného lístka na 70 minút cez SMS správu. Neskôr pribudol aj 24-hodinový SMS lístok. 10. december 2008 sa niesol v znamení zriadenia ďalších dvoch minibusových liniek - linka 35 (Dlhé diely, Kuklovská – Karlova Ves, Borská) a linka 147 (Búdková – Šulekova, neskôr predĺžená na Hodžovo námestie). Pre tieto linky sa zakúpili minibusy Iveco Daily vyrábané spišskovonoveskou firmou Rošero-P. V termíne od 28. júna do 2. septembra 2008 prebehla rekonštrukcia električkovej trate na Miletičovej a Záhradníckej ulici, pričom bola zavedená náhradná autobusová linka X14. Trať na Záhradníckej ulici bola presunutá do stredu rozšírenej ulice a bola pripravená na zatrávnenie. Na Miletičovej sa použil otvorený koľajový zvršok, na Záhradníckej sa využila pevná jazdná dráha. V lete 2008 sa tiež postavila trolejová otočka pri Riviére, čím sa odbúralo otáčanie trolejbusov linky 33 na pomocný pohon.Od januára 2008 z dôvodu nedostatku vozidiel a vodičov zabezpečovala vybrané záložné autobusy súkromná firma Zájazdy Bratislava (v roku 2001 odčlenená od DPB). Na tento účel využívala staré Karosy, ktoré neskôr nahradila prenajatými autobusmi MAN z Viedne. Cestujúci v Bratislave tak mohli po prvý krát využívať klimatizované autobusy.
19. januára 2008 sa Bratislava po 34 rokoch oficiálna rozlúčila s legendárnymi Ikarusmi 280, ktorých v Bratislave premávalo spolu 760 kusov. Posledný Ikarus 280 dojazdil 15. februára. Nedostatok kĺbových vozidiel bol v rokoch 2008 – 2010 riešený aj prenájmom autobusov Karosa B 941 a 961 od Dopravného podniku mesta Banská Bystrica. Spolu s nimi bol z Banskej Bystrice dodaný aj tamojší jediný autobus TAM 272 A 180 M. Dlhodobým prenájmom získal dopravný podnik aj 20 autobusov TEDOM C12 G s plynovým pohonom. Koniec roka 2008 priniesol aj autobusy SOR C 10.5 v linkovom vyhotovení určené pre regionálne linky a autoškolu DPB. Raritou bol aj 19,5-metrový kĺbový autobus Mercedes-Benz CapaCity, na zakúpenie ktorého prispela v decembri 2008 spoločnosť IKEA. V roku 2008 bolo na plynový pohon prestavaných posledných 14 autobusov Karosa B 741.
K 2. septembru 2008 sa zmenilo označovanie školských liniek určených na dochádzku žiakov a študentov do vybraných škôl vrátane škôl pre zdravotne postihnutých. Pôvodné označenia 370 až 384 sa prenechali pre plánované linky Bratislavskej integrovanej dopravy. Školské linky sa preznačili tak, že jednociferné čísla slúžili pre špeciálne školy a dvojciferné pre ostatné školy:
| Pôvodné číslo |
Nové označenie |
Škola |
| 370 | Školský spoj 4 | DSS Mokrohájska, DSS Dúbravská cesta, DSS Lipského |
| 371 | Školský spoj 1 | ŠZŠ Hálkova |
| 372, 373 | Školský spoj 12 | ZŠ sv. Rodiny |
| 376 | Školský spoj 6 | ŠZŠ Nevädzová |
| 377 | Školský spoj 17 | ZŠ Veternicová, ZŠ Majerníkova 62, ZŠ Karloveská 61, Cirkevná ZŠ Karloveská 32, ZŠ Tilgnerova |
| 378 | Školský spoj 18 | ZŠ s MŠ Jarovce, ZŠ s MŠ Rusovce |
| 380 | Školský spoj 10 | ZŠ a gymnázium Dunajská |
| 381 | Školský spoj 11 | ZŠ Vrútocká |
| 382 | Školský spoj 2 | DSS Mokrohájska, DSS Dúbravská cesta, DSS Lipského |
| 383 | Školský spoj 3 | ŠZŠ Žehrianska |
| 384 | zrušený |
2009
Rok 2009 začal prechodom na novú menu Euro, čo znamenalo koniec starých automatov na cestovné lístky Merona používaných od roku 1977. Zastavenie dodávok ruského plynu obmedzilo v januári vypravovanie autobusov s CNG pohonom. Od 1. februára si cestujúci mohli zakúpiť predplatný cestovný lístok cez internet. 9. februára bola obnovená a predĺžená autobusová linka 133 z Dlhých dielov k Novej budove SND. 23. februára sa definitívne zrušila autobusová linka 49 od Vojenskej nemocnice na Kramáre. Od 3. septembra 2009 bola zavedená minibusová linka 135 v Karlovej Vsi a od 26. septembra aj linka 36 z Borskej k Tescu Lamač so zachádzkou na Dúbravskú cestu. 4. novembra k nim pribudla aj linka 139 z Molecovej na Staré grunty. Od 19. decembra bola linka 56 predĺžená v Rači na Záhumenice. 11. mája 2009 začala komplexná a nákladná ročná rekonštrukcia električkového tunela pod hradom. Vodovodné potrubie a káblové vedenia boli umiestnené do podzemných kolektorov, vybudovala sa nová električková trať typu pevná jazdná dráha a pribudli viaceré bezpečnostné prvky. Počas rekonštrukcie bola zavedená električková linka 16 z Rače cez centrum do Ružinova. Od 8. do 17. mája 2009 sa zrekonštruoval krátky úsek električkovej trate pri Vozovni Krasňany na otvorenom koľajovom zvršku. Od 13. do 18. júna sa zrekonštruovala trolejová križovatka pri vozovni Hroboňova. Zavedená bola náhradná autobusová linka X44 Valašská – Búdková. V priebehu roka 2009 sa v celom meste vykonávali rozsiahle rekonštrukcie povrchov vozoviek hlavných ťahov, čo si vyžiadalo časté a zaujímavé presmerovania autobusov a trolejbusov. V lete sa ukončilo rozšírenie Záhradníckej ulice. V auguste sa zatrávnila zrekonštruovaná električková trať na Záhradníckej ulici a vybudovaný bol aj zavlažovací systém.
8. marca 2009 kompletne zhorel na Kramároch trolejbus #6313. V tom istom roku sa samohasiace zariadenia po autobusoch namontovali aj do trolejbusov. Od apríla sa do niekoľkých vozidiel namontoval kamerový systém. 24. apríla lokomotíva na priecestí Ivanská - Vrakunská zlikvidovala Karosu B 741 CNG #2636, autobus bol našťasie prázdny. V roku 2009 vozidlový park autobusov doplnilo 35 autobusov Irisbus Citelis 12M, ktorých nákup bez verejnej súťaže skončil na súde. Dodané boli aj predĺžené midibusy SOR BN 10.5 a jeden prezentačný autobus Mercedes-Benz Citaro s plynovým pohonom. Stále odkladaný nákup nových kĺbových autobusov využila firma Abuss Nitra, ktorá dopravnému podniku prenajala ojazdené kĺbové autobusy Mercedes-Benz O 405 GN. Tieto premávali najmä na linkách 21 a 63. Pokračovalo sa v generálkovaní trolejbusov vo vlastných dielňach a v spoločnosti Zliner. 19. júla 2009 oslávili Bratislavčania na Železnej studničke storočnicu bratislavských trolejbusov. Rokom 2009 sa 35. električkou ukončilo modernizovanie kĺbových električiek K2 na typ K2S vo firme PARS Nova Šumperk.
kecho