Autobusy z prvej dodávky sa začali zaraďovať do premávky od 12. januára 2009 najmä na linke 32, krátko premávali aj na linke 133 po jej obnovení. Po sprevádzkovaní nových autobusov TEDOM C12 G od februára 2009 boli autobusy SOR BN 10.5 vypravované z vozovne Krasňany preradené na linky 20 a 22. V sezóne boli počas víkendov vypravované aj na linku 37. Po zaradení nových autobusov Tedom, resp. Citelis 12M v priebehu roku 2009 boli vypravované najmä na linky 30, 37, 65.
Vozidlá z druhej dodávky boli zaradené do vozovní Krasňany a Jurajov dvor a začali jazdiť postupne od 10. júna 2009. Vozovňa Jurajov dvor ich vypravovala prevažne na linky 20, 22, 50, 53 a 67. Od konca októbra 2009 do apríla 2010 boli postupne všetky SORy BN 10.5 z Jurajovho dvora preradené do vozovní Petržalka (3 vozidlá) a Krasňany.
Vozidlá z tretej série boli zaradené do vozovní Petržalka a Krasňany (2 vozidlá). Autobusy z Petržalky boli od konca roka 2009 vypravované na linky 80, 99 a 191. V čase nedostatku kĺbových vozidiel sa objavili aj na linke 94. V októbri 2010 sa všetky vozidlá z Petržalky presunuli do vozovne Krasňany.
Vozidlá 3409/II, 3410/II a 3412 boli vďaka digitálnemu tachografu nasadzované aj na cezhraničné linky 801 a 901. Vozidlá 3409/II a 3410/II premávali od 1. októbra 2010 pravidelne (do dodania autobusov Iveco Crossway) na linke 801 do Rajky a pri tejto príležitosti dostali na bočnice nálepky propagujúce Operačný program cezhraničnej spolupráce SR - MR.
Ďalšia zmena v deponovaní vozidiel sa udiala po zrušení autobusovej časti vozovne Krasňany od 1. septembra 2011. Väčšina autobusov SOR BN 10.5 bola preradená do vozovne Trnávka, s výnimkou vozidiel #3401, 3409, 3410, 3412, 3416, 3417 a 3422 - 3425, ktoré boli zaradené do vozovne Jurajov dvor. Putovanie vozidiel medzi vozovňami pokračovalo v máji 2015, kedy boli do vozovne Trnávka z Jurajovho dvora preradené aj zvyšné vozidlá BN 10.5, okrem autobusov #3409, 3410 a 3412 pre cezhraničnú dopravu. Vozidlo #3409 bývalo často využívané ako záložné vozidlo.
Vozovňa Trnávka vypravovala vozidlá SOR BN 10.5 najmä na linky 20, 53, 66, 67, 77 a 139. V apríli 2018 boli na linke 20 nahradené midibusmi Iveco Urbanway 10,5M a autobusmi SOR NB 12 City, keďže obsluhu tejto linky prevzala vozovňa Jurajov dvor.
V lete 2016 dostali vozidlá #3409, 3410 a 3412 odnímateľné cyklonosiče na zadné čelo a vypravované boli na linku 65 medzi Račou a Dolnými honmi. V letnej sezóne 2017 boli tieto cyklobusy nasadzované na lamačskú linku 30.
Po obnovení autobusovej prevádzky vo vozovni Krasňany bolo niekoľko vozidiel od 11. júna 2018 opäť deponovaných vo vozovni Krasňany a nasadzované boli na linky 52, 53 a 56. Zároveň prestali byť autobusy tohto typu vypravované na linku 66, kde ich nahradili vozidlá Iveco Urbanway 10,5M. Počet autobusov deponovaných v Krasňanoch sa podľa potreby zvyšoval, alebo znižoval. Administratívne tieto vozidlá spadali pod vozovňu Trnávka.
Autobusy SOR BN 10.5 boli často využívané aj ako náhrada za trolejbusy v prípade nedostatku prevádzkyschopných vozidiel Škoda 30 TrDG. V septembri 2019 boli z rovnakého dôvodu nasadené na linku 210 namiesto trolejbusov. Podľa potreby boli SORy BN 10.5 zapožičiavané aj do vozovne Petržalka, odkiaľ boli vypravované na rôzne petržalské linky.
Vozidlá #3407 a 3408 boli po vyradení z osobnej prevádzky preradené medzi technologické vozidlá strediska údržby koľajových tratí, resp. zimnej údržby zastávok. V novembri 2022 po sprevádzkovaní nových autobusov SOR NS 12 diesel bolo na zimnú službu preradených ďalších 9 vozidiel BN 10.5.
Ako posledné boli potom do premávky nasadzované vozidlá #3409, 3413, 3414, 3420, 3423, 3424, 3425, ktoré boli vypravované vozovňou Trnávka na linky 41, 51, 52, 53, 56, 69, 77, 79 alebo vozovňou Jurajov dvor na linky 23/123, 30, 57, 66, 79 v prípade nedostatku pojazdných novších autobusov.
Po zmenách v MHD v priebehu roka 2023 sa k septembru 2023 zostávajúce autobusy nasadzovali podľa potreby na linky 41, 51, 52, 56, 69, 77 a 79. V januári 2024 zostal v premávke už len autobus #3423, ktorý bol sporadicky nasadzovaný počas špičky na linku 56.
V júni 2018 boli štyri prebytočné vozidlá - #3428, 3432, 3434 a 3437 - prenajaté Dopravnému podniku mesta Prešov. V polovici júna 2018 bolo z premávky odstavených viacero vozidiel prvej a druhej série, pričom boli následne ponúknuté na predaj. Z nich bolo v máji 2019 odpredaných niekoľko vozidiel, predaj zvyšných bol zrušený a po roku sa vrátili do premávky. Autobus #3402 sa po predaji firme DZS-M.K. Trans zaradil do MHD v Humennom a vozidlo #3403 našlo nový domov v Michalovciach. Vozidlo #3412 po predaji do ČR jazdilo od roku 2020 na linkách PID. V júni 2019 boli do Prešova prenajaté aj autobusy #3406, 3418 a 3436. Všetkých 7 autobusov prenajatých do Prešova bolo v lete 2020 odpredaných DPMP a zároveň boli v auguste 2020 do Prešova prenajaté ďalšie dve vozidlá #3431 a 3433, pričom vo februári 2021 ich DPMP tiež odkúpil. V septembri 2022 boli zošrotované autobusy #3405 a 3438. Ďalšie vozidlá boli vyraďované po zaradení nových autobusov SOR NS 12 diesel do premávky. Vyradené autobusy #3404, 3408, 3411, 3422 a 3429 boli na jeseň 2023 odpredané. V septembri 2023 dojazdili autobusy #3413 a 3414.
Autobusy #3420, 3424 a 3425 boli v januári 2024 prenajaté Dopravnému podniku mesta Prešov, z nich dva pre poruchy dojazdili už po niekoľkých týždňoch a v lete 2024 ich DPB ponúkol spolu s ďalšími vyradenými autobusmi tohto typu na predaj.
Oli61