Všetky vlaky premávajú na novú stanicu Wien Hauptbahnhof a väčšina tých, ktoré začínajú v Petržalke, ide ďalej cez Šopron do Deutschkreutzu.
Od nedele 9. decembra 2012, kedy vstupuje do platnosti grafikon vlakovej dopravy 2012 – 2013, je vlaková doprava medzi Bratislavou a Viedňou zmenená, a to v pozitívnom slova zmysle.
Tou nepochybne najzásadnejšou zmenou je čiastočné uvedenie železničnej stanice Wien Hauptbahnhof do prevádzky. Presmerované sú sem všetky vlaky z Bratislavy do Viedne. Provizórna stanica Wien Südbahnhof (Ost) – torzo pôvodnej Südbahnhof – je paralne s otvorením novej stanice zrušená. Kým ku stanici Südbahnhof priamo metro nepremávalo, z Hauptbahnhof je možné dostať sa do centra mesta i ďalších lokalít linkou metra U1. Vedené sú sem aj 3 električkové linky (18, D, O), hlavná trať metskej rýchlodráhy (linky S1 S2 S3) a 2 autobusové linky (13A, 69A).
Väčšina vlakov idúcich z Bratislavy-Petržalky do Viedne cez Kittsee pokračuje zo stanice Wien Hauptbahnhof cez stanicu Wien Meidling, ktorá je významným prestupným uzlom, cez Ebenfurth a Wulkaprodersdorf do maďarského Šopronu a ďalej do rakúskeho Deutschkreutzu. Toto priame spojenie Wulkaprodersdorfu, Šopronu a Deutschkreutzu s Bratislavou však nie je najkratšie, kilometricky kratšia, no časovo rovnako dlhá možnosť cestovania je cez Neusiedl am See a Eisenstadt (s prestupmi v Parndorfe Ort a Wulkaprodersdorfe). V neskorých večerných a nočných hodinách vlaky z Petržalky pokračujú zo stanice Wien Meidling na Wien Hütteldorf, kde zastavujú okrem regionálnych vlakov aj vlaky InterCity a vlaky súkromného dopravcu Westbahn v smere do Sankt Pöltenu a Linzu. Počas pracovných dní v ranných hodinách jeden vlak pokračuje zo stanice Wien Meidling cez Wien Hütteldorf až do stanice Rekawinkel, ležiacej medzi Viedňou a Sankt Pöltenom. Frekvencia vlakov medzi Bratislavou-Petržalkou a Viedňou sa v zásade nemení, ostáva hodinový takt nepravidelne skrátený počas rannej špičky a predĺžený na 2-hodinový vo večerných a nočných hodinách v pracovných dňoch a 2-hodinový takt počas voľných dní, počas víkendov a sviatkov však zaniká jediná 4-hodinová „diera“ – vo večerných hodinách v smere do Viedne.
Vlaky premávajúce z Bratislavy hlavnej stanice do Viedne cez Marchegg majú jazdnú dobu skrátenú v priemere o 4 minúty v smere do Viedne a o 6 minút v smere do Bratislavy. Skrátenie doby jázd umožnilo zrušenie zastavovania na menej významných staniciach a zastávkach, konkrétne na Wien Hirchstetten, Wien Erzherzog-Karl-Straβe, Wien Praterkai, Wien Haidestraβe, s výnimkou niektorých vlakov na Schönfeld-Lassee a ráno smerom do Viedne aj na Wien Hausfeldstraβe. Rozsah vlakovej dopravy medzi Bratislavou hlavnou stanicou a Viedňou ostáva nezmenený – celotýždenne hodinový takt predĺžený na 2-hodinový vo večerných hodinách.
Jezo