Počas úpravy dopravy na Námestí SNP (vtedy Hlinkovom námestí) bola v roku 1938 prestavaná električková trať v dolnej časti námestia medzi vyústením Kolárskej ulice a Štúrovou ulicou a vybudovaná bola tretia koľaj a nová čakáreň pre cestujúcich s miestnosťami pre dopravnú kanceláriu. Tretia koľaj mala podľa pôvodných plánov slúžiť ako konečná električkovej linky E, k tomu však už neprišlo.
V roku 1938 začala doprava v Bratislave čoraz viac pociťovať napätie v Európe. Počas všeobecnej mobilizácie odchádzajú dve tretiny personálu a niekoľko autobusov, čo si vynútilo zamestnávanie dôchodcov a aj žien ako sprievodkýň. V októbri 1938 boli kvôli Viedenskej arbitráži zrušené linky E a L, pretože Československo muselo odstúpiť Petržalku Nemecku. Náhradnú dopravu pre Petržalčanov zabezpečovali v období od 10. októbra 1938 do 11. apríla 1941 rakúske autobusy na linke "1463 Berg - Dunajský most", prípojnej ku vlakovej trati 463 z Viedne. V nasledujúcom roku sa prešlo na pravostrannú premávku, čo si vyžiadalo prestavbu všetkých autobusov; pri obojsmerných električkách úpravy neboli potrebné. Začali sa vyrábať električkové vozne vlastnej výroby zo série #31 až 45, ktoré boli stavané ako náhrada vozňov Ganz série 100.
V roku 1939 sa dlhoročný riaditeľ Bratislavskej mestskej elektrickej železnice a Autobusu Bratislava Jaroslav Bartošek vzdal funkcie a odišiel do Čiech, podobne ako značná časť občanov českej národnosti. Jeho funkciu prevzal dovtedajší námestník riaditeľa Ing. Štefan Januš. Autobusový park bol v roku 1939 obnovený o 10 autobusov MAN MP s karosériou firmy Sodomka, ktoré už boli stavané pre pravostrannú premávku. BEÚS dostal splnomocnenie od Ministerstva dopravy a verejných prác na začatie prípravných prác na zriadenie trolejbusovej dopravy.
Počas roku 1940 prišlo k prestavbe električkovej trate od Šancovej ul. po Hlavnú stanicu v súvislosti s prestavbou predstaničného priestoru. Taktiež sa v tomto roku vybudovala nová výhybňa na Račianskom mýte. 12. decembra 1940 sa spoločnosť Elektrická lokálna železnica Bratislava - Krajinská hranica (BKH) uzniesla na svojej likvidácii. Likvidácia bola ukončená 31. decembra 1942. Súhlas so zrušením koncesie pre lokálnu železnicu BKH dala vláda v máji 1941.
Začiatkom roku 1941 bola skončená prestavba petržalskej (nemeckej) časti lokálnej železnice v úseku Štátna hranica - Žel. stanica Petržalka opäť na rozchod 1435 mm. Doprava na trati Wien - Engerau (Petržalka) sa začala v tom istom roku. Celá trať viedla územím Nemecka a bola v prevádzke až do 3. apríla 1945, potom zanikla. Linky Cd a Ck sa v roku 1941 zlúčili do linky C.
V marci 1941 sa začala stavba trolejbusového trolejového vedenia, vďaka čomu sa po 26 rokoch 31. júla 1941 vrátili do bratislavských ulíc trolejbusy. Novootvorená trolejbusová linka M s trasou Reduta - Mostová - Medená - Grösslingová - Karadžičova - Legionárska - Šancová - Hlavná stanica nahradila autobusovú linku M. Na trati jazdili trolejbusy MAN-Sodomka-Siemens, ktoré boli dodané v roku 1940 v počte 14 kusov. Ich zaujímavosťou bolo to, že zberače prúdu mali upevnené v jednej rovine nad sebou a nemali laná na ich sťahovanie. Bola tiež vybudovaná manipulačná trolejová trať z vozovne na Pribinovej ulici cez Dostojevského rad po Grösslingovú ulicu. Trať bola v prevádzke do roku 1964. Trolejbusy boli napájané napätím 550 V - tak ako v električkovej doprave. Už 1. októbra bola otvorená druhá trolejbusová linka P zo Žabotovej ulice cez Pražskú a Brniansku ulicu na Patrónku, ktorá nahradila autobusovú linku P.
V roku 1942 bola ukončená výmena lýrových zberačov prúdu električiek za pantografy. Na električkových tratiach bola zvýšená prepravná kapacita zavedením niekoľkých vlečných vozňov prerobených zo starších motorových vozňov. Na rozšírenie vozidlového parku podnik objednal 15 nových električiek Ringhoffer-Tatra a 10 nových autobusov MAN-Sodomka, ale pre vojnové udalosti vozidlá nemohli byť vyrobené. Objednaná elektrická výzbroj Siemens pre nové električky bola dodaná až o dva roky neskôr a samotné vozne vyrobila Tatra Studénka až v roku 1949. Plánované zdvojkoľajnenie električkovej trate do Karlovej Vsi nemohlo byť zrealizované pre nejasnosti ohľadne vedenia novej komunikácie na nábreží.
Počas vojny začína byť situácia v MHD kritická. Rýchly rozvoj mesta vyvoláva stále väčšiu záťaž na dopravu a začínajú sa hľadať úsporné a optimalizačné opatrenia. Obmedzuje sa premávka MHD po 22. hodine, zastavuje sa trolejbusová a autobusová doprava počas nedieľ a pre zvýšenie obežnej rýchlosti vozidiel sa rušia niektoré zastávky. Zrušila sa pásmová tarifa a vo vozidlách začínajú pracovať dvaja sprievodcovia. Vďaka týmto opatreniam sa podarilo udržať dopravu na takej úrovni, že sa už ďalej nezhoršovala.
V roku 1943 bolo dodaných 15 vlečných vozňov rakúskej firmy Simmering-Graz-Pauker (SGP) s číslami 101 až 115 objednaných ešte v roku 1941. Na konci novembra 1943 bolo dokončené predĺženie električkovej trate od Novej doby po Zátišie, ale pre nedoriešené tarifné otázky sa premávka na trati zatiaľ neotvorila. Plánovalo sa aj vybudovanie koľajovej slučky z Jesenského okolo Reduty a Palackého späť na Jesenského, ale táto nakoniec vybudovaná nebola, rovnako ani plánované obratisko na Zátiší pre technické problémy. 16. novembra 1943 bola zavedená už tretia trolejbusová linka H z Červeného kríža cez Palisády a Hodžovo námestie na Kolibu. Aj táto linka nahradila autobusy. Objednali sa nové trolejbusy FBW-Oerlikon zo Švajčiarska, ktoré však boli dodané až v roku 1947. Prirážka za cestovanie bez cestovného lístka sa v tomto roku zvýšila z 5 na 10 Ks.
Na jeseň roku 1943 sa začala výstavba 792-metrového tunela pod hradom. Počas vojny slúžil ako protiletecký kryt a jeho výstavba sa pretiahla až do roku 1949. Najskôr bol určený pre chodcov a automobilovú dopravu vrátane autobusov, od roku 1983 však slúži len električkovej doprave. Portál na Skalnej ulici je o 18 metrov vyššie ako portál na nábreží.
1. januára 1944 sa podľa vzoru iných veľkomiest zaviedlo číselné označovanie vnútromestských liniek. Linky boli prečíslované nasledovne:
- električky:
- 1 = A: Hlavná stanica - Savoy
- 2 = B: Savoy - Nová doba
- 3 = C: Karlova Ves - Dynamitka
- trolejbusy:
- 11 = M: Reduta - Hlavná stanica
- 12 = P: Žabotova - Patrónka
- 13 = H: Červený kríž - Koliba
- autobusy:
- 21 = O: Palisády - Ružinov
- 22 = R: Kamenné námestie - Miletičova
- 23 = RP: Kamenné námestie - Prievoz, hranica mesta
- 24 = T: Filiálna stanica - Trnávka
1. apríla 1944 sa sprevádzkovala trať na Vajnorskej ulici po Zátišie a zavedená bola linka 2z (Savoy - Zátišie). K rovnakému dátumu sa zrušila autobusová linka 22. 16. júna, 14. septembra a 20. septembra 1944 počas bombardovania Bratislavy a najmä rafinérie Apollo, ktorá stála v tesnej blízkosti depa na Pribinovej ulici, boli zasiahnuté aj zariadenia BEÚSu, čo prinútilo podnik hľadať nové priestory pre depo. Provizórne drevené garáže boli postavené pre trolejbusy na Hroboňovej ulici, pre autobusy pred Železnou studničkou a pre električky pri Lafranconi. Škody spôsobené bombardovaním boli cca 3,3 milióna Ks. Na konci marca 1945 bola mestská hromadná doprava pred prichádzajúcim frontom celkom zastavená.
7. apríla 1945 sa začalo sa s odstraňovaním škôd po prechode frontu. Nemecké vojská so sebou zobrali značnú časť najlepších autobusov, s pomocou tankov strhli 90% trolejového vedenia, zničili stĺpy, vykradli a postrieľali trolejbusy a poškodili koľajnice. Celková škoda dosiahla 7 - 8 miliónov Ks. Premávka sa obnovovala postupne, najskôr električkami a následne aj autobusmi a trolejbusmi:
- 3. mája 1945 linka 3
- 9. mája 1945 linka 1
- 14. júna 1945 linka 2
- 25. októbra 1945 linka 2z
- 27. októbra 1945 linka F
- 4. marca 1946 linka 24
- 18. marca 1946 linky 12 a 13
- 2. mája 1946 linka 23
- 14. októbra 1946 linka 11
5. júna 1945 bol menovaný správca podniku, pretože mnohí vedúci pracovníci odišli z podniku a niektorí aj z krajiny. 27. augusta 1945 BEÚS oslávil 50. výročie svojho založenia.
1. apríla 1946 bola zavedená linka R do Rače a 3. júna linka P do Petržalky. 1. decembra sa zaviedol jednotný cestovný lístok vo všetkých dopravných podnikoch v Československu, ktorý stál 2,50 Kč.
1. mája 1947 bola zrušená linka 2z, linka 2 bola predĺžená po Zátišie a v meste vedená okruhom cez Mostovú, Vajanského nábrežie a Štúrovu ulicu a zavedená bola nová linka 4 z Novej doby na Šafárikovo námestie. Zaviedla sa aj autobusová linka Ž z Patrónky na Železnú studničku a obnovila sa premávka autobusov a trolejbusov počas nedieľ. Zriadené boli aj nočné spoje na linkách 1 a 2 (Hlavná stanica - Savoy - Zátišie).
V dňoch 7. - 11. júna 1947 sa v Zürichu uskutočnilo rokovanie zástupcov mesta so spoločnosťou Evag-Holding, ktorá vlastnila BEÚS, o odkúpení celej spoločnosti. K dohode došlo a mesto malo kúpiť akcie firmy BEÚS v cene 13,63 mil. Kčs, pohľadávku Evag voči BEÚSu vo výške 35 mil. Kčs, vyplatiť investície za roky 1933 až 1947 a cenu za predčasné odkúpenie podniku pred vypršaním zmluvy (31.12.1960) 11,37 mil. Kčs. Spolu teda malo mesto vlastníkovi zaplatiť 60 miliónov korún. 4. júla 1947 plénum Národného výboru zmluvu schválilo, ale k plneniu zmluvy nedošlo.
V auguste 1947 bolo do prevádzky uvedených 6 nových trolejbusov FBW-Tüscher-Oerlikon švajčiarskej výroby objednaných ešte počas vojny. V rokoch 1947 a 1948 pribudlo 17 autobusov Praga NDO.
11. januára 1947 sa ustanovuje Prvá národná správa podniku, vzápätí 28. februára 1948 Druhá národná správa, čím sa v podniku začala éra budovania socializmu. 1. septembra 1948 boli po doplnení vozidlového parku autobusov do obcí pripojených k Bratislave v roku 1946 zavedené tieto linky:
- D: Patrónka - Dúbravka
- Dn: Karlova Ves - Riviéra - Devín
- L: Patrónka - Lamač
- V: Zátišie - Dvorník (Vajnory)
V tom istom mesiaci sa obnovila aj premávka vnútromestskej autobusovej linky 21 z Palisád k Zimnému štadiónu. Súčasne bol v roku 1948 vypracovaný projekt na jej zmenu na trolejbusovú linku 14.
Na konci roka 1948 bola spoločnosť BEÚS bola podľa zákona č. 311/1948 Zb. znárodnená. V roku 1949 Ústredný národný výbor Bratislavy rozhodol so spätnou platnosťou k 1.1.1949, že celý majetok BEÚSu prechádza na novozriadený komunálny podnik Dopravné závody mesta Bratislavy (DOZÁB), ktorý pokračoval v prevádzkovaní bratislavskej MHD. Do správy DOZÁBu prešiel od 31. mája aj Dunajský prievoz (Propeler). V tomto čase bola MHD v Bratislave na najhoršej úrovni v celej Československej republike - vozidlá boli oproti normálu až trojnásobne plnšie. Podnik sa usiloval pre nedostatok domácich výrobných kapacít získať aj trolejbusy Alfa-Romeo 110 AF z Talianska a ASEA zo Švédska, čo sa ale nepodarilo. Podarilo sa aspoň získať niekoľko starších autobusov z Prahy.
V roku 1949 boli dodané električkové vozne z Tatry Studénka, ktoré boli predchodcami typu 6MT. Výzbroj Siemens sa do nich vo vlastných dielňach namontovala v rokoch 1950 až 1952. Na ich výrobe sa podieľali aj Bratislavské elektrotechnické závody, ktoré dodali trakčné motory. V tomto roku prišli do Bratislavy aj prvé autobusy Škoda 706 RO, ktoré sa dodávali až do roku 1957. Vlečné vozidlá Karosa D4 sa koncom roka 1949 zaviedli na niektorých autobusových linkách a v roku 1950 aj na trolejbusovej linke 11. V rokoch 1948 až 1952 bola posledná jednokoľajná trať Karlova Ves - Dynamitka zdvojkoľajnená. Súčasne bola v roku 1949 v Karlovej Vsi predĺžená od Svrčej ulice po Riviéru. V roku 1948 bola pôvodná provizórna drevená vozovňa trolejbusov na Hroboňovej ulici rozšírená o ďalšiu halu železnej priehradovej konštrukcie Caminati, čo umožnilo celú trolejbusovú prevádzku sústrediť do tejto vozovne.
22. apríla 1950 bolo rozhodnuté o stavbe novej vozovne Jurajov dvor a to jednak pre nedostatočnú kapacitu existujúcej vozovne na dnešnej Pribinovej ulici a jednak pre plány železníc ČSD, ktoré chceli cez existujúci areál vozovne vybudovať koľajovú spojku Starého mosta a novou nákladnou stanicou na Pálenisku. Vozovňa Jurajov dvor mala mať kapacitu 150 električiek, 80 trolejbusov a 80 autobusov. Pri stavbe vozovne sa však vyskytlo množstvo problémov - napríklad vďaka nízkej nadmorskej výške sa musel terén v smere od Vajnorskej ulice vyvýšiť, aby bolo možné vybudovať kanalizáciu. Po majetkovosprávnom vysporiadaní bol v roku 1951 pozemok oplotený a v roku 1952 sa začala výstavba v plánovanej sume 277,85 milióna Kčs (ešte pred menovou reformou); o rok neskôr bola suma zmenená na 58,92 milióna Kčs (po menovej reforme).
8. júla 1950 sa zavádzajú nové autobusové linky Pk do Kopčian a Ph do Starého hája. O rok neskôr k nim pribudla aj linka Po do Ovsišťa.
V roku 1950 bola do prevádzky uvedená druhá meniareň dopravného podniku, ktorá bola postavená na Jiskrovej ulici. Vzhľadom na nedostatočné napájanie z elektrární mohla byť spočiatku využitá len na 25%.
15. marca 1951 vznikla trolejbusová linka 14 z Partizánskej ulice k Zimnému štadiónu, ktorá nahradila autobusovú linku 21. Zároveň boli dodané prvé trolejbusy Škoda 7 Tr 2, čím sa začala éra trolejbusov Škoda, ktorá trvá dodnes. Pre zaujímavosť môžeme uviesť, že v roku 1951 sa uvažovalo aj s trolejbusovými traťami 16 a 17 s uvedením do prevádzky v rokoch 1953 a 1954 s nasledujúcimi trasami:
- linka 16: Šafárikovo námestie - Pribinova - Miletičova - Trnavské mýto - Šancová - Hlavná stanica
- linka 17: Hlavná stanica - Pražská - Klinické mesto (Kramáre)
Obe trolejbusové linky sa nakoniec vybudovali až neskôr a s inými trasami.
Linka 4 bola v apríli 1951 predĺžená cez Starý most do Petržalky, kde mala konečnú zastávku Petržalka - Sad. Zároveň bolo na opačnej strane trate pri sídlisku Nová doba vybudované obratisko. Trať na Vajnorskej ulici bola provizórne predĺžená od Zátišia až po Mierovú kolóniu. Vznikli nové autobusové linky:
- 21: Šafárikovo námestie - Pálenisko (od 2. septembra 1951)
- 22: Hodžovo námestie - Trenčianska ulica (od 1. novembra 1951)
V roku 1951 sa prvýkrát sa vo vozidlách objavili vodičky. 30. júla 1951 sa zaviedlo prideľovanie vozidiel stálym posádkam vodičov do tzv. socialistickej opatery. V auguste 1951 sa prebudoval dopravný uzol v dolnej časti Nám. SNP (dnes Kamenné nám.), pričom bol vybudovaný nový koľajový triangel umožňujúci premávku električiek aj medzi Špitálskou a Námestím SNP. Od 5. septembra 1951 tak bola zavedená nová trasa električkovej linky 2 z Mierovej kolónie na Hlavnú stanicu.
Na letisko premával od 1. októbra 1951 z Centrálneho trhoviska cez Trnavskú cestu zvláštny autobus, od 1. mája 1953 bol nahradený v rovnakej trase linkou 24. Mimo mesta premávala iba linka B zo Šafárikovho námestia do Podunajských Biskupíc (od 1. júla 1951).
V dňoch 20. - 22. januára a 16. - 24. februára 1952 mesto postihla snehová kalamita, pričom kvôli spáleným trakčným motorom bolo z premávky vyradených až 66% električiek.
Od 1. apríla 1952 bola linka 23 predĺžená od Prievozu po Malý Dunaj a linky D a L sa od 27. júla 1952 predĺžili z Patrónky cez tunel až na Župné námestie.
20. mája 1952 sa dokončilo zdvojkoľajnenie električkovej trate na Račianskej ulici a súčasne sa zmenili trasy električkových liniek, pričom pribudla nová linka 5:
- 1: Hlavná stanica - Slovenské národné divadlo
- 2: Petržalka, Sad - Mierová kolónia
- 3: Hlavná stanica - Gaštanový hájik
- 4: Slovenské národné divadlo - Nová doba
- 5: Hlavná stanica - Karlova Ves
26. augusta 1952 sa vzhľadom na nedostatočné využívanie novej linky 5 a zároveň preťažovanie linky 2 vykonala zmena v linkovaní:
- 1: Hlavná stanica - Slovenské národné divadlo
- 2: Hlavná stanica - Mierová kolónia
- 3: Hlavná stanica - Gaštanový hájik
- 4: (z dôvodu opravy Starého mosta bola zrušená)
- 5: Gaštanový hájik - Karlova Ves
3. októbra 1952 bola obnovená linka 4 z Petržalky - Sadu po Novú dobu.