Mestská hromadná doprava je na území mesta Prešov zabezpečovaná celoročne 24 hodín denne. Denná premávka sa začína v pracovných dňoch okolo 5.00, v sobotu okolo 6.00 a v nedeľu a sviatok až okolo 7.00h. Posledné denné spoje vyrážajú z konečných zastávok po 22.00h. V ostatnom čase premáva nočná doprava, ktorú tvoria dve autobusové linky.
Večerná výprava vozidiel
Posledné denné spoje do jednotlivých mestských štvrtí a obsluhovaných obcí sa vykonávajú po 22.00 h (do vybraných lokalít sa končí doprava ešte skôr). Cestujúci majú možnosť medzi týmito spojmi prestupiť prostredníctvom tzv. večernej výpravy vozidiel. V čase okolo 22.15 h sa na zastávke Na Hlavnej (spoje vedúce smerom na sever) a na zastávke Železničná stanica (spoje vedúce smerom na juh) vozidlá zhromažďujú. Po príchode posledného vozidla a čase postačujúcom na prestup medzi zhromaždenými spojmi vodič vozidla povereného vypravovať tie ostatné (v rade vozidiel zväčša radené ako prvé) o 22.20 h kontaktuje dispečera a s jeho povolením sa posledné denné spoje spoločne rozchádzajú. Po rozjazde prechádza centrom už len jeden pár spojov linky 8 a následne začína nočná premávka, ktorá je oproti dennej odlišne štrukturovaná.
Nočné linky
Nočnú dopravu predstavujú od 4. mája 2020 autobusové linky N1 a N2. V prevádzke sú po každú noc v čase od 22.30 h až do začiatku dennej premávky, ktorý je v pracovných dňoch o 5.00, v sobotu o 6.00 a v nedeľu a sviatok o 7.00 h.
Na nočných linkách platia rovnaké ceny cestovného ako na denných linkách.
Trasy nočných spojov sú od 4. 5. 2020 nasledovné:
| linka | trasa |
| N1 | okružne: Sídlisko III - Clementisova - Obrancov mieru - Vysokoškolský areál - Železničná stanica - Košická - Švábska - Solivarská - Múzeum Solivar - Solivar - Múzeum Solivar - Solivarská - Lesnícka - Martina Benku - Laca Novomeského - Pod Šalgovíkom - Martina Benku - Lesnícka - Švábska - Košická - Železničná stanica - Vysokoškolský areál - Obrancov mieru - Clementisova - Sídlisko III |
| N2 | okružne: Nižná Šebastová - Skleník - Sibírska - Martina Benku - Švábska - Košická - Železničná stanica - Trojica - Sabinovská - Rázcestie Šidlovec - Sídlisko III - Centrum - Clementisova - Poliklinika - Trojica - Železničná stanica - Košická - Švábska - Martina Benku - Sibírska - Skleník - Nižná Šebastová |
Stručná história nočnej mestskej dopravy v Prešove
19. marca 1959 - zavedená prvá nočná linka 9 na trase z Nižnej Šebastovej cez Šarišské Lúky, Prešov a Solivar na Soľnú Baňu (dnes súčasť Solivara), čím prakticky kopírovala trasu dennej linky 1. Zaujímavosťou je, že nočný spoj patril k prvým z liniek, na ktorých bola zavedená tzv. samoobslužná prevádzka (cestujúci sami vhadzovali mince do pokladníc, ktoré im vydali lístok). Dopravný podnik tak riešil neochotu sprievodkýň slúžiť na nočnom spoji.
Po zavedení trolejbusovej dopravy v roku 1962 nasledovalo čoskoro preradenie nočnej dopravy pod elektrickú trakciu. V tomto období boli nočné spoje začlenené pod linku 1, ktorá tak začala premávať nepretržite.
V prvej polovici sedemdesiatych rokov bola zriadená druhá nočná, tentokrát autobusová linka, 28. Okružnou trasou napojila na sieť nočnej dopravy nové sídliskové súbory na západe mesta. Jej trasa viedla od železničnej stanice cez Hlavnú a Clementisovu na Sídlisko III a späť na stanicu so zachádzkou cez Marka Čulena, Kollárovu a Obrancov mieru. Neskôr sa zaviedlo pre nočné spoje osobitné označenie NS/1 a NS/2 (NS = nočný spoj), i keď na vozidlách sa ešte dlhší čas naďalej objavovali označenia ekvivalentných denných liniek. Po dobudovaní posledných ulíc na Sídlisku III (okolo rokov 1976-77) sa trasa linky NS/2 upravila do okruhu žel. stanica - Hlavná - Sabinovská - Bajkalská - Sídlisko III - Marka Čulena - Kollárova - Obrancov mieru - Levočská - Hlavná - žel. stanica, čím sa na sieť nočnej dopravy napojila oblasť Sabinovskej ulice.
Dňa 1. mája 1982 nasledovalo ďalšie rozšírenie rozsahu nočnej dopravy, keď sa novou východzou a konečnou zastávkou linky NS/2 stala zastávka Laca Novomeského na sídl. Sekčov.
V rámci rozširovania výkonov trolejbusov dopravy sa od 1. februára 1989 linka NS/2 rozdelila na dve samostatné linky. Trolejbus linky NS/2 premával od železničnej stanice cez Hlavnú, Sabinovskú, Sídlisko III, Levočskú a Hlavnú späť k železničnej stanici. Autobusová linka NS/3 prevzala obsluhu Sekčova a najnovšieho sídliska Šváby na trase Trojica - žel. stanica - Šváby - Pod Šalgovíkom. Nočná doprava sa tak dostala na Šváby, ale na druhej strane bez nočnej obsluhy zostalo Sídlisko II. Začiatkom nového desaťročia sa upravila trasa spoja NS/3 na Sekčove, kedy bol presmerovaný na Sibírsku ul., pričom zachádzal na zastávku Laca Novomeského.
K výraznému preusporiadaniu nočných spojov dochádza v súvislosti s otvorením premávky trolejbusov na Sídlisko Sekčov dňa 22. novembra 1992. Linky č. NS/1, NS/2 a NS/3 bol nahradené linkami N1 N2 a N3. Linka N1 je nástupcom linky NS/1 s doplnenou zachádzkou cez Šváby. Na linke bol trolejbus nahradený autobusom. Linka N2 vznikla zlúčením liniek NS/2 a NS/3 s ukončením na Sekčove Pod Šalgovíkom. Linka N3 vznikla ako nočná obdoba dennej trolejbusovej linky 38 zo Sídliska III na Sekčov (Sibírska) cez Sídlisko II (Obrancov mieru) a ul. 17. novembra.
Od 1. septembra 2004 bola zavedená nová organizácia spojov na linkách N1 N2 N3 so vzájomným čakaním sa na zastávke Železničná stanica so zabezpečením lepšej náväznosti v nočnej doprave.
Od 1. marca 2007 došlo k zámene časti trás medzi linkami - linka N1 (autobusová) začala premávať po trase Sídlisko III - Obrancov mieru - Žel. stanica - Šváby - Solivar a linka N3 (trolejbusová) sa upravila do trasy Šebastová - Hlavná - Žel. stanica - Sibírska.
Od 1. júla 2007 premávajú na všetkých nočných linkách autobusy.
Od 1. júla 2015 sa mierne zmenilo linkové vedenie - linka N2 obsluhuje obojsmerne už aj sídlisko Šváby.
Od 4. mája 2020 premávajú už len dve nočné linky, ktorých trasy sú kombináciami predošlých troch liniek.