Prvých 8 vozidiel (#3534, 3535, 3536, 3537, 3538, 3540, 3542 a 3543) bolo slávnostne predstavených verejnosti a odovzdaných do prevádzky 22. novembra 2007 na Námestí SNP. Všetky vozidlá boli zaradené do vozovne Krasňany, po jej zrušení boli presunuté od 1.9.2011 do vozovne Jurajov dvor.
Medzi linky, na ktoré boli midibusy SOR BN 9.5 štandardne vypravované, patrili najmä linky 30, 41, 43, 51, 52, 54, 56, 130. Istý čas premávali aj na linkách 37, 66, 80, 139, 630, kde ich následne vystriedali kapacitnejšie vozidlá. Nezriedka boli vypravované aj na ďalšie linky. Autobusy tohto typu premávali aj na rôznych náhradných linkách, kde postačovala menšia prepravná kapacita.
Vozidlo #3550 bolo od februára 2018 využívané v prípade potreby ako záloha za elektrobus SOR EBN 8 na linke 27. Po obnovení autobusovej časti vozovne Krasňany v júni 2018 pribudlo do tejto vozovne k vozidlu #3550 aj vozidlo #3547 a obe boli využívané na večerných spojoch liniek 51 a 56, na nočnej linke N56 a nočnom služobnom spoji č. 3. Podľa potreby boli nasadzované aj na denné spoje liniek 51, 52 a 56.
Po zaradení nových plne nízkopodlažných autobusov Iveco Urbanway 10,5M v marci 2018 sa vypravovanie midibusov SOR BN 9.5 znížilo a od polovice júna 2018 zostalo v premávke posledných 5 vozidiel tohto typu. Dve z nich boli vypravované z vozovne Krasňany a tri z vozovne Jurajov dvor. Po nehode autobusu #3535 bol na jeseň 2019 do premávky opäť zaradený odstavený autobus #3536.
Od zimy 2018/2019 bolo 9 vozidiel preradených na zimnú údržbu zastávok, kde nahradili autobusy SOR B 9.5. Slúžili takto až do zimy 2021/2022, následne ich nahradili autobusy SOR BN 10.5. Autobus #3542 potom ešte slúžil na prevoz nakoľajovacieho zariadenia pre nízkopodlažné električky namiesto staršieho vozidla #3529.
Od leta 2021 zostali v prevádzke 4 vozidlá (#3536, 3547, 3549, 3550), ktoré boli vypravované vozovňou Jurajov dvor podľa potreby na linky 23, 30, 123, večerné spoje linky 57 a na služobné linky. K septembru 2022 z nich zostali v premávke už len autobusy #3536 a 3547. Od decembra 2022 boli obe vozidlá vypravované vozovňou Trnávka podľa potreby, prevažne na linku 77, prípadne ako náhrada za malé elektrobusy z Krasňan. Od októbra do decembra 2023 bolo do premávky nasadzované už len vozidlo #3547, podľa potreby na linkách 51, 69, 77, 79. Autobus #3536 bol preradený na technologické vozidlo namiesto autobusu #3542.