Deväťdesiate roky sa niesli v znamení úpadku verejnej dopravy v Bratislave. Intervaly liniek sa predlžovali, linky sa po počiatočnom boome nových spojov skracovali a rušili, počet najazdených vozokilometrov klesol o takmer 20 %. Pridalo sa aj prečíslovavanie liniek, ktoré do dopravy vnieslo značný chaos. A pritom sa stále čakalo na budovanie metra. V roku 1990 rozhodlo mesto o pozastavení stavby metra ruského typu a začalo uvažovať o výberovom konaní na iného dodávateľa a systém. V pravidelných 4-ročných intervaloch (tesne pred voľbami) politické strany sľubovali, že metro sa onedlho začne stavať, a pritom peniaze naň určené sa utopili v nerealizovaných projektoch, za ktoré môžme spomenúť napríklad systém ľahkého metra VAL, pri ktorom bolo od začiatku jasné, že na dopravu v Bratislave nebude vhodný. Na projekty metra sa celkovo minulo cca. 400 miliónov Sk a dnes je už jasné, že z nich vyžila celá jedna generácia projektantov, pričom sa do konca 1990-tych rokov z metra nevybudovalo nič iné ako hrubá stavba depa v Janíkovom dvore a jama tiahnuca sa pozdĺž Chorvátskeho ramena a Jantárovej cesty od Janíkovho dvora až po Kutlíkovu ulicu.
Od 19. marca do 30. júna bola nočná linka 142 predĺžená až do Stupavy. Následne bola skrátená po Záhorskú Bystricu a jej trasu v Devínskej Novej Vsi začala zabezpečovať nová linka 145. Posledným nočným spojom, ktorý vznikol v pôvodnom číslovaní, bola linka 146 na Dlhé diely.
V roku 1990 roku sa začali rozsiahle rekonštrukcie tratí, ktoré trvali 3 roky. Ako prvá prebehla rekonštrukcia trate na Ružinovskej ulici v úseku Bajkalská - Tomášikova. 19. marca 1990 začala na nové sídlisko Dlhé diely premávať linka 62, o niekoľko dní neskôr, 2. apríla 1990, vznikla linka 63 zo Železničnej stanice Nové mesto ku Povodiu Dunaja, ktorá sa od 14. apríla 1994 zlúčila s linkou 103. Linka 61-S, ktorá premávala po trase OD Saratov - Na hriadkach sa prečíslovala na číslo 64.
Novinkou vo vozidlovom parku v roku 1990 boli kĺbové trolejbusy Škoda 15 Tr, ktoré boli dodané v počte 11 kusov.
1. apríla 1991 sa cena cestovného lístka zvýšila na 3 Kčs. Na opätovne vybudovanej trolejbusovej trati po Karadžičovej a Šancovej ulici začala premávať linka 210 z Hlavnej stanice na Autobusovú stanicu Mlynské nivy. Po zavedení tejto linky bola skrátená linka 53 po AS Mlynské nivy. Cez Karadžičovu ulicu bola presmerovaná aj linka 211. V tomto roku sa začali dodávať kĺbové autobusy Ikarus 283, Karosa B 741 a posledná séria Ikarusov 280 zavŕšila nepretržité dodávky týchto autobusov v trvaní 18 rokov.
24. októbra 1991 bola posledná denná autobusová linka 104 premávajúca cez Špitálsku, Rajskú a Dunajskú ulicu kvôli neprejazdnej úprave Námestia SNP presmerovaná cez Štúrovu ulicu a nábrežie. Po začatí rekonštrukcie Vajanského nábrežia bola z Hodžovho námestia presmerovaná cez Most SNP do Ovsišta, a tak centrum mesta prišlo o poslednú autobusovú linku, čo sa však priaznivo dotklo hladiny hluku a exhalátov. Pokračovali rekonštrukcie tratí v úsekoch Račianske mýto - ŽST Vinohrady, Americké nám. - Krížna, Tomášikova - Astronomická, Pekná cesta - Hečkova. Začala sa rekonštrukcia Vajanského nábrežia. Na jeseň boli dodané prvé dva vozne (prototypy) typu T6A5 #7904 a 7903, ktoré sa začali testovať.
V roku 1991 bola podpísaná zmluva s francúzskou spoločnosťou Matra o stavbe ľahkého plnoautomatizovaného metra typu VAL na pneumatikách.
6. apríla 1992 bola dokončená trolejbusová trať Šancová - Trnavská - Miletičova a zaviedla sa linka 218 z Hlavnej stanice na Dolné hony. V tomto roku sa zrekonštruovala električková trať v úseku Bajkalská ulica - Za kasárňou na Vajnorskej ulici a tiež trať v úseku tunel - Karlova Ves (konečná). Nová trať bola však natoľko nekvalitná, že na nej došlo k viacerým vážnym vykoľajeniam električiek a jej časté opravy boli nevyhnutné. Ďalšou rekonštruovanou traťou bol úsek ŽST Vinohrady - Hybešova ulica. 29. októbra sa začali používať orientačné tabule, ktoré mali na interiérovej strane zobrazené všetky zastávky linky. Tvorcovia však akosi pozabudli umiestniť na tabule dôležitú informáciu o tom, ktoré zastávky sú na znamenie. 8. decembra 1992 bola na Vajanského nábreží obnovená premávka. 23. decembra 1992 sa začalo postupné rušenie liniek MHD. Zrušená bola linka 14. Od tohto momentu možno badať stagnáciu mestskej hromadnej dopravy a jej úpadok. Z pôvodných racionalizačných riešení sa postupom času začali stávať zúfalé pokusy o ušetrenie najazdených kilometrov, ktoré často viedli k zmenám poburujúcim cestujúcich. Napriek tomu ešte vznikali aj nové linky. Od 6. apríla 1992 premávala linka 65 z Technickej ulice k Cintorínu Ružinov, ktorá však bola po dvoch rokoch zbytočnej prevádzky zrušená a od 1. apríla 1995 zavedená na trase Jurajov dvor - ŽST Podunajské Biskupice. Linka 66 nikdy nebola zavedená, hoci sa na ňu mala pôvodne prečíslovať linka 111. Ďalšou novou linkou bola linka 67 z Hroboňovej ulice do Ovsišťa, ktorá slúžila prevažne študentom Ekonomickej univerzity. Rady expresných liniek rozšírila linka 121 z Autobusovej stanice Mlynské nivy cez Lamač do Devínskej Novej Vsi - Na hriadkach, ktorá bola neskôr predĺžená až po Volkswagen. Po zrušeni linky 101 sa linka 121 presunula z Lamača na diaľnicu D2 a vzniklo jej dvojča - linka 122 z AS Mlynské nivy na konečnú Na hriadkach. Pokusom opäť zaviesť linku 43-S bola linka 123, ktorá premávala iba v čase ranej špičky z Dolnozemskej na Vazovovu ulicu a slúžila hlavne študentom základnej školy a gymnázia. Podobne to bolo aj s linkou 127, ktorá premávala z Kutlíkovej na Vazovovu ulicu a späť. Posledná expresná linka v starom označovaní bola linka 126, ktorá premávala z Hlavnej stanice do Krematória, avšak pre neúspech bola krátko po zavedení zrušená.
V roku 1992 sa začal testovať autobus TAM 260 A 180 M slovinskej výroby. Dodaných bolo ďalších 50 autobusov Karosa B 741, no ďalšie dodávky už mala realizovať firma TAM; uvažovalo sa aj s výrobou rovnakých autobusov v Bratislave, nakoniec však z týchto plánov zišlo. Po testoch ďalších dvoch autobusoch TAM 272 sa DPB nakoniec rozhodol pre nákup typu TAM 272 A 180 M, ktorý sa od prvého autobusu líšil vodou chladeným motorom.
15. marca 1993 sa cena cestovného líska sa zvýšila na 5 Sk, zľavnený cestovný lístok stál 2 Sk. Od 27. marca do 19. júla sa rekonštruovala trať Zátišie - Jurajov dvor a 5. apríla bola zrušená električková linka 13, pričom jej trasa bola nahradená linkou 1. 26. jún bol posledným dňom premávky trolejbusov Škoda 9 Tr. Zachovali sa trolejbusy #152 a #6053 (ex 53). 1. júla sa zaviedol jednotný interval na všetkých električkových linkách. V pracovných dňoch 12 minút, cez víkendy a sviatky 15 minút. Neskôr sa intervaly zmenili na 15 a 20 minút. Rekonštruovala sa aj trať Most SNP - tunel. Poslednými vozidlami sa skončili dodávky Karos B 732 resp. 731, ktoré trvali od roku 1982. Vozidlo #1134 bolo ako prvé vybavené elektronickým informačným systémom firmy BUSE. 4. októbra vznikla trolejbusová linka 219, ktorá začala využívať nový trolejový úsek Trnavské mýto - Zimný štadión. Jej trasa viedla z Hanáckej ulice na Trnávke cez Kramáre na Valašskú ulicu.
13. júna až 26. augusta 1994 prebiehala výstavba nového obratiska v Rači namiesto pôvodného triangla, pretože tam pri cúvaní dochádzalo k častým nehodám. 15. júna 1994 boli na rekonštrukciu do Ostravy odvezené dve električky K2 #7034 (s prednou časťou z #7014) a #7038, ktoré skončili ako humanitárna pomoc v Sarajeve. 5. septembra sa zaviedla ďalšia trolejbusová linka 209 z Valašskej na Jelačičovu ulicu, ktorá bola zakrátko predĺžená až do Ružovej doliny. 1. októbra vznikol Dopravný podnik Bratislava, a.s. (DPB). 7. novembra začala premávať linka 208 z Hlavnej stanice k Cintorínu Ružinov. V tomto roku sa prvý krát objavila počas Sviatku všetkých svätých posilová linka 201 z Rajskej ulice k Cintorínu Ružinov.
1. apríla 1995 boli zrušené nočné linky 130 - 146 a boli nahradené linkami 501 - 517, ktoré začínali na Hlavnej stanici (okrem trolejbusovej linky 516). Koncom augusta prebehli oslavy 100. výročia založenia MHD v Bratislave, spojené s výstavou MHD v Poľskom inštitúte a dňom otvorených dverí vo Vozovni Krasňany. V tomto roku boli dodané posledné autobusy Karosa B 741, 11-kusová séria autobusov TAM 232 A 116 M, pričom prvý autobus mal aj klimatizáciu a 10 ďalších bolo pôvodne určených pre české Teplice. Rok 1995 bol aj posledným rokom dodávok autobusov TAM 272 A 180 M. Veľký kvalitatívny skok urobili prvé autobusy Ikarus 435, ktoré boli v tej dobe najmodernejšími autobusmi prevádzkovanými v Bratislave. Zakúpený bol aj prvý nízkopodlažný kĺbový Ikarus 417, ktorý bol ale pre technické problémy vrátený späť do Budapešti a ďalšie vozidlá tohto typu sa už nekúpili. V roku 1995 sa zároveň testoval autobus Neoplan N4014 NF, v nasledujúcom roku Karosa B 931, Karosa - Renault Citybus 12M a Ikarus 405.
V roku 1996 sa podarilo starostovi Nového Mesta presadiť novú autobusovú linku 68 zo ŽST Nové Mesto do Mierovej kolónie. Linka 68 predtým vznikla rozdelením linky 48 na dve časti, ktoré sa však už po niekoľkých týždňoch neosvedčilo, a tak sa linka 48 vrátila do pôvodného stavu s predĺžením na Trnavské mýto. 1. septembra zdraželo cestovné z 5 na 7 Sk a zľavnené z 2 na 3 Sk. Od 21. októbra do 20. decembra bola uzavretá Popradská ulica, a tak namiesto trolejbusovej linky 220 premávala linka 201, linka 218 bola skrátená po Cintorín Ružinov a linka 208 bola dočasne nahradená linkou 210. Na trolejbusoch sa prvý krát objavil nový červeno-bielo-tmavosivý náter.
30. júna 1997 sa začalo s prečíslovaním liniek MHD do systému oblastného označovania, čo však mnohí považovali za úplne zbytočné. V Petržalke boli zrušené takmer všetky klasické linky - linky 27, 37, 43, 45, 50, 54, 55, 104, 105, 111 a 114. Zaviedli sa nové linky 54, 77, 78, 79, 83, 86, 90, 93, 94, 95, 177, 179, 277 a 279, linka 34 bola skrátená po Vazovovu ulicu. Od 30. júna do 31. októbra bola opäť uzavretá Popradská ulica, a tak linky 208, 218 a 220 boli nahradené linkami 210, 202 (nová linka s trasou Hlavná stanica - Trnavské mýto - Cintorín Ružinov) a linkou 201. Náhradnú dopravu vykonávala linka 171. 17. novembra sa pokračovalo v prečíslovaní liniek: z linky 22 vznikla linka 74 a z linky 51 linka 27. Dodaných bolo 10 električiek typu T6A5. Začali sa dodávať autobusy Ikarus 415, ktoré opäť rozšírili počet typov prevádzkovaných autobusov.
V roku 1997 bola opravená výhybka na Obchodnej ulici, a tak linka 1 začala premávať po pôvodnej trase cez Jesenského ulicu. Linka 10 bola zrušená a počet električkových liniek klesol na 11. Prečíslované boli ďalšie linky: 33 na 43, 42 na 57, 157 a 257, 109 na 75. Linka 517 (Hlavná stanica - Cintorín Slávičie údolie) bola vďaka častým výtržnostiam v autobuse zrušená a linka 502 bola presmerovaná cez Legionársku, Dostojevského rad a nábrežie. Vznikla nová linka 518 (Hlavná stanica - Amfiteáter). V júni prebehol štrajk vodičov MHD, počas ktorého vyšlo do ulíc len minimum spojov Cestujúci používali iné druhy dopravy, náhradné autobusy súkromných dopravcov, alebo šli pešky. Do skončenia štrajku (9. júna 1997 o 23:59) bolo možné využívať aj vlaky.
18. marca 1998 začali premávať nové trolejbusy Škoda 15 TrM. 30. marca 1998 bola linka 38 skrátená po Šafárikovo nám. prečíslovaná na linku 50, linka 56 bola rozdelená na linky 80 a 89. Rovnako aj linka 119 bola rozdelená na dve - linky 98 a 198. Pribudla linka 185, ktorá premávala zo ŽST Nové Mesto do Petržalky po Dudovu ulicu. Od 30. marca do 2. septembra sa rekonštruovala električková trať na Kamennom námestí, po ktorej vstúpilo do platnosti nové trasovanie električkových liniek, pričom vznikla nová linka 14 z Ružinova na Námestie Ľudovíta Štúra a linka 12 bola skrátená po Šafárikovo námestie. 29. júna bola linka 112 zrušená. Nahradila ju linka 92, ktorá mala čiastočne odlišnú trasu. Pribudla linka 99 (MiÚ Jarovce - Petržalka, Antolská), ktorá však bola pre nezáujem cestujúcich 26. októbra 1998 zrušená. V roku 1998 bol pre linku 370, na ktorej dovtedy premával Karosa B 732 s plošinou, zakúpený prvý nízkopodlažný autobus Ikarus 412. Linka slúžila telesne postihnutým deťom. V októbri a novembri sa v Bratislave testovalo ďalšie vozidlo, tentoraz trolejbus Ikarus 415T.
11. septembra 1998 bola na Kramároch dokončená nová trolejbusová trať k Národnému onkologickému ústavu a k Slovenskému ústavu srdcových chorôb. Linka 211 bola zrušená. Nahradili ju linky 206 (Slovenský ústav srdcových chorôb - AS Mlynské nivy) a 207 (Národný onkologický ústav - AS Mlynské nivy). V Bratislave tak opäť jazdilo 13 trolejbusových liniek.
V priebehu roku 1998 bola firmou Pars-DMN Šumperk modernizovaná prvá električka typu K2 na typ K2S. Po zlomení nápravy na trolejbuse #6510 sa náhle skončila prevádzka trolejbusov Škoda - Sanos S 200. Vznikla nová nočná linka 517 z Jurajovho dvora do Podunajských Biskupíc, ktorá však plnila skôr funkciu služobného spoja ako linky zapadajúcej do systému nočných spojov. Rekonštruovala sa električková a trolejbusová trať na Záhradníckej ulici.
Na začiatku roku 1999 sa zvýšili ceny ceny cestovných lístkov na 10 Sk a zľavnené na 5 Sk. 1. júna 1999 došlo k rozdeleniu linky 116 na linky 91 a 191. O mesiac neskôr sa pokračovalo prečíslovaní: linka 21 na 97, 61 na 20, 64 na 22 a 121 na 21. Linka 92 bola predĺžená do Devínskej Novej Vsi k Volkswagenu, linka 122 bola zrušená. Linky 31, 39 a 512 boli presmerované cez Krížnu a Legionársku ulicu v smere na Cintorín Slávičie údolie, pretože na Račianskom mýte došlo k reorganizácii jazdných pruhov. 2. septembra sa zrušila trolejbusová linka 214 a linka 219 bola predĺžená až na Rádiovú ulicu. Nakrátko sa tak skončilo obdobie najväčšieho počtu trolejbusových liniek (13).
Spoločnosť Metro, a.s. v roku 1999 nepredĺžila zmluvu o stavbe metra typu VAL.
23. decembra 1999 došlo k úplnej reorganizácii trolejbusovej dopravy. Prečíslované boli linky: 215 na 205, 218 na 201, 219 na 204, 220 na 202. Nové linky vznikli zlúčením predchádzajúcich:
- 203 = 213 + 216,
- 207 = 216 + 217,
- 208 = 208 + 216 + 213,
- 209 = 207 + 209.
Linky 206, 210 a 212 zostali nezmenené. Pôvodne sa uvažovalo s oblastným označovaním aj trolejbusových liniek, ku ktorému v tom čase nakoniec neprišlo.
V roku 1999 si trolejbusová doprava pripomenula 90. výročie svojho vzniku. Firmou Pars-DMN bola modernizovaná prvá električka T3 na typ T3S Zrekonštruovala sa električková trať na Krížnej ulici (v úseku od Legionárskej po Vazovovu ulicu).
Na záver je nutné pripomenúť aj jednu mimoriadne pozitívnu skutočnosť, že sa vo vedení Dopravného podniku Bratislava sa od konca 1980-tych rokov začali objavovať ľudia, pre ktorých história znamenala veľa a práve vďaka nim a dopravným nadšencom sa podarilo v tomto období získať, zachrániť a zrekonštruovať historické vozidlá. Električka BEÚS #44 z roku 1949 bola zrekonštruovaná na pôvodný typ Ganz #104 z roku 1910 (stav z r. 1930), z ktorého mala podvozok, ďalšie električky BEÚS #38 (z r. 1958), T2 #215 (z r. 1959) a K2 #317 (z r. 1971) boli rekonštruované do pôvodného stavu. Vyradený vozeň T3 #7509 z roku 1964 bol zaradený medzi historické vozidlá. Po objavení dvoch podvozkov SGP sa na jednom z nich začala budovať novostavba vlečného vozňa SGP #135. Po dojazdení trolejbusov Škoda 9 Tr sa zachránili vozidlá #152 a #6053, podobne to bolo pri trolejbusoch Škoda - Sanos S 200 Tr #6505 a #6517. Podarilo sa zachrániť trolejbus FBW - Oerlikon #80, ktorý sa však zrekonštruoval do vystavovateľného stavu až k 110. výročiu MHD v roku 2005. Z historických autobusov sa rekonštruovala Karosa ŠM 11 #3350 a neskôr Škoda 706 RTO #236. Žiaľ aj napriek úsiliu sa nepodarilo z vrakoviska v Bernolákove zachrániť trolejbus Škoda T 11 #228.
